Lebewesen, die dauerhaft im Boden leben, werden als Bodenorganismen bezeichnet. Sie sind in der Regel so klein, dass sie mit bloßem Auge kaum oder gar nicht zu erkennen sind, und äußerst zahlreich im Boden vertreten. Diese Bodenorganismen zeichnen sich durch eine große Arten- und Formenvielfalt aus. Dazu gehören z.B. Bakterien, Einzeller, Pilze, Algen, Würmer, Krebstiere, Spinnentiere, Tausendfüßer und zahlreiche Insektenordnungen (s. Artenreichtum und Formenvielfalt der Bodenorganismen ).

In einer Handvoll Boden können zahlenmäßig gesehen mehr Bodenorganismen leben als es Menschen auf der Erde gibt. Abhängig von der Qualität des Bodens können in einem Bodenwürfel von 10 cm Kantenlänge bis zu 10 Milliarden Bodenlebewesen vorkommen. Trotzdem beträgt der Gewichtsanteil aller ständig im Boden lebenden Organismen weniger als 1 % der gesamten Bodensubstanz (s. Abb. 1). Das verdeutlicht wie klein diese Organismen sind.

Zusammensetzung der Bodensubstanz (ca. 50 % des Bodenkörpers)

Für die Gesamtheit der Bodenorganismen prägte der Biologe Raoul Francé  zu Beginn des 20. Jahrhunderts den Begriff  „Edaphon“ (edaphos (griech.) = Erdboden). Das Edaphon lässt sich in Bodenflora und Bodenfauna untergliedern. Definitionsgemäß nicht zum Edaphon gerechnet werden die unterirdischen Organe der im Boden wurzelnden Pflanzen.

Zur Bodenflora gehören überwiegend pflanzliche bzw. nicht tierische Organismen wie z.B. Bakterien, Strahlenpilze, Pilze, Algen und Flechten (s. Bodenflora). Sie sind maßgeblich an Zersetzungs- und Mineralisierungsprozessen beteiligt und stellen die Hauptmasse des Edaphons. Ihr Anteil beträgt je nach Bodenart 60-90 %.

Die Bodenfauna setzt sich aus tierischen Einzellern und vielzelligen Organismen zusammen (s. Bodentiere), die nach ihrer Größe differenziert werden in Mikrofauna (< 0,2 mm; z.B. Wimperntiere, Geißeltiere, Amöben, kleine Fadenwürmer), Mesofauna (< 2  mm; z.B. Springschwänze, Rädertiere, Milben), Makrofauna (> 2 mm; z.B. Borstenwürmer, Asseln, Insekten) und Megafauna (> 20 mm; z.B. Wirbeltiere wie Wühlmäuse, Spitzmäuse, Maulwurf).